La Universidad asumió una política institucional de iniciar un proceso de cualificación en cumplimiento a resoluciones del VIII, IX y X Congreso de Universidades; a la que se sumó muy activamente la Facultad de Odontología, en una búsqueda constante de superación académica en todos los aspectos que ella conlleva, asumiendo retos de permanentes procesos de evaluación y autoevaluación  con el objetivo  de conocer la situación real de la Carrera de Odontología y según los resultados aplicar medidas correctivas para superar un nivel determinado e ir progresando en el transcurso del tiempo y lograr en definitiva el reconocimiento a la calidad académica a través de certificaciones de acreditación.

La Facultad de Odontología inició estos procesos en abril del año  1999 durante la gestión de las entonces autoridades:  Doctores  Jorge Pariente y Gonzalo Villafani, a partir de la conformación de la respectiva comisión de autoevaluación; y en función a resultados y acciones emprendidas el año 2000 nuevamente la Facultad es sometida a un nuevo proceso de autoevaluación, en la que las acciones de mejora fueron implementadas en los meses siguientes, y en abril del año 2001 utilizando instrumentos de evaluación y acreditación establecidos por el Sistema de la Universidad Boliviana se llevó adelante un proceso de autoevaluación cuyo resultado permitió afrontar con seguridad un proceso de evaluación externa, el mismo que se desarrolló en el mes de agosto del año 2001 en la que participaron pares  académicos externos de la Universidad de Barcelona España y de universidades de nuestro País, cuyo resultado final es expresado en el Dictamen favorable para su Acreditación, mismo que tuvo vigencia de agosto del año  2001 a agosto del 2007, certificación recibida en marzo del año 2002; logro que impulsó al cumplimiento de recomendaciones y mejoras que fueron realizadas esta vez en la gestión de las autoridades Doctores: Gerardo Paredes y Virgilio Murillo Serrudo quienes asumieron  por normativa la responsabilidad de ejecutar un nuevo proceso de evaluación por grado de cumplimiento al cabo de los dos años posteriores a la certificación, en la que participaron pares académicos externos nacionales, hecho cumplido en la gestión 2005 logrando resultados satisfactorios.

En las gestiones 2010 y 2011 contando como autoridades a los Doctores. Fernando Camargo Arízaga y  Jhonny Mezza Barahona; a partir de  la emisión de convocatoria a procesos de evaluación externa y acreditación de carreras de grado, para los programas de Odontología por parte de la CNACU al sistema ARCU SUR  del MERCOSUR EDUCATIVO, bajo una nueva normativa y metodología propia de ella, la Facultad a partir de la conformación de una comisión de autoevaluación integrada por docentes, estudiantes y administrativos, emprende este proceso logrando obtener  un informe de autoevaluación que es remitido a la CNACU y revisado a través de ella por un comité de pares quienes después de valorar el mismo realizan la visita de verificación de nuestra institución en noviembre del año 2011, a cuyo resultado final, recomiendan la acreditación de la Carrera reflejado el mismo mediante la certificación respectiva recibida en el mes de julio del año 2012, logrando de esta manera la acreditación de la Carrera de Odontología por el periodo de seis años desde julio de 2012 a julio de 2018; y con mucha satisfacción y orgullo institucional es digno mencionar que fue la primera Carrera de Odontología en el sistema Público del País acreditada al MERCOSUR.

En el transcurso de la gestión 2015 y 2016, por iniciativa de sus autoridades esta vez del Decano Dr. Jhonny Mezza Barahona y Directora  Dra. Carmen Julia Bellido Daza, se inicia un nuevo proceso de autoevaluación bajo criterios del sistema de la Universidad Boliviana que permitió el establecimiento de nuevas acciones de constante mejora, exigidas en todos los componentes establecidos en el instrumento, con miras a buscar nuevos horizontes de logros de acreditación; proceso que contribuye a que a partir de una nueva convocatoria de la  CNACU, emitida en la gestión 2017 se inicie un nuevo proceso de autoevaluación bajo normativa establecida en el MERCOSUR   operativizando el mismo a través de la conformación de la respectiva comisión integrada por autoridades, docentes, estudiantes y administrativos; lográndose una nueva Acreditación de la Carrera de Odontología, por el periodo de seis años , iniciando este en septiembre de 2019, durante la gestión de las actuales autoridades: Decana Dra. Celia Exeni Albornos y Directora  Dra. Hellen Henners Vargas.